Die Pasta nach Packungsanweisung in Salzwasser al dente kochen, in den letzten 3 Minuten den Brokkoli mitgaren. Abgießen.
Die Butter in einem Topf schmelzen, Mehl einrühren und kurz anschwitzen. Mit Milch ablöschen und unter Rühren aufkochen.
Cheddar und Mozzarella einrühren und mit Salz, Pfeffer und Muskat abschmecken.
Nudeln und Brokkoli mit der Käsesauce vermengen, in eine Auflaufform geben.
Mit etwas zusätzlichem Käse bestreuen und im vorgeheizten Ofen bei 180 °C Ober-/Unterhitze ca. 20 Minuten überbacken, bis die Oberfläche goldbraun ist.